そのため、会社法における株式会社においては、旧法の下での株式会社と比べ、機関設計をかなり自由に行えるようになりました。（「機関設計の自由化」）

具体的には、会社法においては、下記のように、意思決定機関等について、各会社が、自由に制度設計をできるようになっています。
設置義務があるのは、株主総会と取締役のみです。

また、会社の規模を問わず、会社法で新たに定められた会計参与や会計監査人を設置したり、委員会設置会社となることも認められています。（ただし、1000人以上の大会社や、公開会社においては、設置が義務付けられる機関もあります。）

■　取締役1名

■　取締役1名＋監査役1名

■　取締役１名＋会計参与１名

■　取締役会（取締役3名以上）＋監査役1名以上

■　取締役会＋監査役会＋会計監査人

■　取締役会＋3委員会

旧法の下では、小規模な株式会社においては、商法の規定上、3名以上の取締役を置く必要があったことから、名目的な取締役や監査役を置くことで、数合わせで法定の人数を満たしていたような場合もありましたが、新会社法の下では、定款変更をすることで、形式と実態をあわせることができるようになりました。